Syntéza DNA oligonukleotidů
- délka až do 200 bp
- standardní škála (40 nmol, 200 nmol a 1 μmol)
- široká nabídka modifikací
- odsolené
- možnost pročištění s HPLC nebo PAGE
| Fluorofory | Ex. | Em. | Alternativa |
| Cy3TM | 550 | 564 | ATTO 542, DY-530 |
| Cy5TM | 648 | 668 | ATTO 647N |
| FAM | 495 | 520 | DY-490, DY-495 |
| HEX | 538 | 555 | CAL Fluor® Orange 560 |
| JOE | 529 | 555 | CALFluor® Gold 540, Orange 560 |
| ROX | 588 | 608 | ATTO Rho 101 |
| TAMRA | 559 | 583 | CAL Fluor® Red 590, DY-560 |
| TETTM | 522 | 539 | CAL Fluor® Gold 540 |
| Texas Red® | 596 | 613 | CALFluor® Red 610, ATTO Rho101 |
Syntéza RNA oligonukleotidů
- délka až do 60 bp
- štandardná škála (40 nmol, 200 nmol and 1 μmol)
Syntéza LNA oligonukleotidů
“Locked nucleic acids” (LNA) jsou modifikované RNA nukleotidy, ve kterých je ribózový kruh uzavřen methylenovým můstíkem. Můstek mezi 2' kyslíkem a 4' uhlíkem uzamkne ribózu v 3'-endo konformaci. LNA nukleotidy mohou být nasyntetizované v sekvenci DNA nebo RNA oligonukleotidů. LNA modifikované oligonukleotidy vykazují vyšší míru hybridizace ke komplemntárnej DNA nebo RNA.
Proč používat LNA?
- dolaďování teploty tání
- posílená hybridizace i přes kratší délku oligonukleotidů
- zlepšení poměru signálu k pozadí u qPCR
- přesnější kvantifikace genů a rozlišení alel
- lepší detekce jednonukleotidových polymorfismů
- zvýšená odolnost vůči endo- a exonukleázam
Použití
- qPCR/PCR včetně multiplex PCR
- utlumování genů s komplementárními LNA oligonukleotidy (snadný vstup do buňky)
- vývoj léčiv založený na komplementaritě sekvencí (netoxické)
- rozlišování alel
- microarray analýza
- analýza génové exprese
Doporučení pro design
- nedoporučujeme použít více než 4 za sebou následující LNA báze
- LNA báze by neměly být umístěny na 3' konci nebo v jeho blízkosti
- zkuste se vyhnout úsekům s 3 + G nebo 3 + C následujících za sebou
- GC obsah by měl být v rozmezí 30-60%
- vyšší počet LNA (např. 16 a více) zvyšuje riziko hybridizace v rámci oligonukleotidu
- jedna LNA báze zvýší Tm o 2-6 °C (DNA) a 3-9 °C (RNA)
- jedna LNA báze umístěna na 5' konci neovlivní Tm
Informace o objednávání
- LNA je v sekvenci značená znaménkem + (např . + A, + C, + G, + T)
- dostupnost ve standardních škálách (40 nmol, 200 nmol a 1 μmol)
- plně kompatibilní se širokou nabídkou modifikace