Syntéza DNA oligonukleotidov
- dĺžka až do 200 bp
- štandardná škála (40 nmol, 200 nmol and 1 μmol)
- široká ponuka modifikácií
- odsolené
- možnosť prečistenia s HPLC alebo PAGE
| Fluorofory | Ex. | Em. | Alternatíva |
| Cy3TM | 550 | 564 | ATTO 542, DY-530 |
| Cy5TM | 648 | 668 | ATTO 647N |
| FAM | 495 | 520 | DY-490, DY-495 |
| HEX | 538 | 555 | CAL Fluor® Orange 560 |
| JOE | 529 | 555 | CALFluor® Gold 540, Orange 560 |
| ROX | 588 | 608 | ATTO Rho 101 |
| TAMRA | 559 | 583 | CAL Fluor® Red 590, DY-560 |
| TETTM | 522 | 539 | CAL Fluor® Gold 540 |
| Texas Red® | 596 | 613 | CALFluor® Red 610, ATTO Rho101 |
Syntéza RNA oligonukleotidov
- dĺžka až do 60 bp
- štandardná škála (40 nmol, 200 nmol a 1 μmol)
Syntéza LNA oligonukleotidov
“Locked nucleic acids” (LNA) sú modifikované RNA nukleotidy, v ktorých je ribózový kruh uzavretý metylénovým mostíkom. Mostík medzi 2' kyslíkom a 4' uhlíkom uzamkne ribózu v 3'-endo konformácii. LNA nukleotidy môžu byť nasyntetizované v sekvencii DNA alebo RNA oligonukleotidov. LNA modifikované oligonukleotidy vykazujú vyššiu mieru hybridizácie ku komplemntárnej DNA alebo RNA.
Prečo používať LNA?
- dolaďovanie teploty topenia
- posilnená hybridizácia aj napriek kratšej dĺžke oligonukleotidu
- zlepšenie pomeru signálu k pozadiu v qPCR
- presnejšia kvantifikácia génov a rozlíšenie alel
- lepšia detekcia jednonukleotidových polymorfizmov
- zvýšená odolnosť voči endo- a exonukleázam
Použitie
- qPCR/PCR vrátane multiplex PCR
- utlmovanie génov s komplementárnými LNA oligonukleotidmi (ľahký vstup do bunky)
- vývoj liečiv založený na komplementarite sekvencií (netoxické)
- rozlišovanie alel
- microarray analýza
- analýza génovej expresie
Odporúčania pre dizajn
- neodporúčame použiť viac ako 4 za sebou nasledujúce LNA bázy
- LNA bázy by nemali byť umiestnené na 3' konci alebo v jeho blízkosti
- skúste sa vyhnúť úsekom s 3 +G alebo 3 +C nasledujúcich za sebou
- GC obsah by mal byť v rozmedzí 30-60 %
- vyšší počet LNA (napr. 16 a viac) zvyšuje riziko hybridizácie v rámci oligonukleotidu
- jedna LNA báza zvýši Tm o 2-6°C (DNA) a 3-9°C (RNA)
- jedna LNA báza umiestnená 5' konci neovplyvní Tm
Informácie o objednávaní
- LNA je v sekvenci značená znamienkom + (napr. +A, +C, +G, +T)
- dostupnosť v štandardných škálach (40 nmol, 200 nmol a 1 μmol)
- plne kompatibilné so širokou ponukou modifikácií